Alla fine del primo film, il potente Mago Oscuro Gellert Grindelwald viene catturato dal MACUSA (Il Magico Congresso degli Stati Uniti d'America), con l'aiuto di Newt Scamander. Tuttavia, come aveva minacciato di fare, Grindelwald riesce a fuggire dalla detenzione e inizia a radunare i suoi seguaci, la maggior parte dei quali sono ignari delle sue vere intenzioni: riunire dei maghi purosangue per governare su tutti gli esseri non-magici. Nel tentativo di contrastare i piani di Grindelwald, Albus Silente recluta il suo ex studente Newt Scamander, che accetta di aiutarlo, inconsapevole dei pericoli che si sarebbero prospettati. Si creano divisioni, l'amore e la lealtà vengono messi a dura prova anche tra gli amici più stretti e in famiglia, in un mondo magico sempre più diviso.