In der nahen Zukunft haben die Menschen die meisten ihrer Koerperteile gegen kuenstliche Elemente ausgetauscht und sind so zu Cyborgs geworden. An menschlichem Gewebe verbleibt in ihnen haeufig nur noch der Teil des Gehirns, in dem ihre Persoenlichkeit angesiedelt ist. Diese " Ghost " genannten Zellen sind das wichtigste Element in der kuenstlichen Huelle, der " Shell " . In dieser Welt hat es der Cyber-Terrorist Kuze (Michael Pitt) auf die Technologien der Firma Hanka Robotic abgesehen und droht die Fortschritte der Firma zunichte zu machen. Die Elite-Einsatztruppe Sektion 9, die von einem einzigartigen Hybrid aus Mensch und Cyborg namens Major (Scarlett Johansson) angefuehrt wird, wird damit beauftragt, den skrupellosen Cyber-Kriminellen aufzuhalten.