La storia ci porta nel cuore della battaglia agli Angeli, che procede di pari passo con la crescita interiore di Shinji, un percorso emotivo coadiuvato dall'incontro del ragazzo con la signorina Misato Katsuragi, la silenziosa Rei Ayanami e Asuka, la sfrontata Third Children. Nel frattempo, il piano della Seele prende corpo e il quartiere generale della Nerv finisce sotto attacco. Mentre Asuka combatte contro la Serie degli Eva, Misato tenta di salvare Shinji dall'attacco dei militari. Gendo decide di avviare l'unione fra Adam e Lilith prendendo con sé Rei, ma viene fermato dalla stessa ragazza. Ha così inizio il Third Impact, volto a portare a compimento il Progetto per il Perfezionamento dell'Uomo. C'è ancora speranza che gli esseri viventi possano ricreare le proprie identità singole? Un anime caratterizzato da riflessioni religiose e cabalistiche e da una profonda introspezione psicologica di tutti i personaggi.