Die stumme Elisa (Sally Hawkins) ist waehrend des Kalten Krieges in einem Hochsicherheitslabor der amerikanischen Regierung angestellt, wo sie einsam und isoliert ihrer Arbeit nachgeht. Doch als sie und ihre Kollegin und Freundin Zelda (Octavia Spencer) ein streng geheimes Experiment entdecken, das in dem Labor vorangetrieben wird, aendert sich Elisas Leben fuer immer. Sie freundet sich mit dem mysterioesen Fischwesen (Doug Jones) an, das dort in einem Tank gefangen gehalten wird. Ihre Gefuehle fuer die Kreatur werden immer intensiver und zusammen mit ihrem Nachbarn Giles (Richard Jenkins) fasst sie schliesslich den Entschluss, den Amphibienmann aus den Haenden der Regierung zu befreien - allerdings steht die Liebe unter keinem guten Stern, denn nun wird das Paar gnadenlos vom Militaer und dem Laborleiter Strickland (Michael Shannon) gejagt, die das aussergewoehnliche Geschoepf und seine heilenden Kraefte bei einem Kriegsausbruch gegen die Sovjets einsetzen wollen...